项目简介：

RNA 甲基化指发生在RNA 分子上不同位置的甲基化修饰现象，常见的RNA转录后修饰方式有6-甲基腺嘌呤(N⁶-methyladenosine，m⁶A) 和5-甲基胞嘧啶(C⁵-methylcytidine，m⁵C)等。

最新研究发现，m⁶A修饰在调控基因表达、剪接、RNA 编辑、RNA 稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色。因此meRIP-seq助力解决细胞分化，生物发育、疾病发生发展，热休克反应等生物学问题。

表观生物最新开发微量meRIP-seq技术，通过技术优化，大幅降低meRIP的样本要求量，500ng-20ug 总RNA即可满足实验要求。利用最新的去rRNA技术，可以同时检测mRNA, lncRNA及环状RNA的甲基化修饰谱，帮助研究人员对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究，是表观转录组学研究的关键技术。

送样要求

样本类型：

1. 总RNA，500ng--20ug

2. 细胞，数量为5x10⁶~10⁷

3. 组织，质量为10~20mg

样本物种：
仅限人、大小鼠物种，其他物种需评估

表观生物实测数据

图1. Peak在RNA结构上的分布pie图

图2. Peak在RNA结构上的分布metageneplot图

图3. motif分析结果


图4. RNA修饰位点交集韦恩图


图5. 差异RNA修饰水平聚类热图


图6. 多组学关联分析四象限图（RNA-seq与meRIP-seq）


图7. 多组学关联分析累计分布图（RNA-seq与meRIP-seq）


图8. UCSC导出peak序列（与单位点修饰预测分析一致）


图9.  IGV基因峰图

送样要求
样本类型：
1. 总RNA，500ng--20ug
2. 细胞，数量为5x10⁶~10⁷
3. 组织，质量为10~20mg
样本物种：
仅限人、大小鼠物种，其他物种需评估

基本分析
1.测序原始reads去接头，质量控制（QC）
2.参考基因组比对（Mapping）
3.富集区域鉴定（PeakCalling）
4.富集区域注释（PeakAnno）
5.lncRNA修饰分析、mRNA修饰分析
6.富集区域metagene plot图、pie plot图、venny图
7.Motif分析
8.Peak基因GO和KEGG分析
9.差异Peak分析（即差异RNA修饰mRNA、lncRNA）
10.差异Peak基因GO和KEGG分析
高级分析
1.单位点修饰预测分析（SingleSite）
2.差异RNA修饰热图（Heatmap）
3.累计分布曲线分析（Cumulative Distribution Fraction Analysis）
4.关联分析（与RNA-seq 关联分析或多组学关联分析）
5.关联分析四象限图
6.关联分析热图（Heatmap）
7.IGV峰图（附5个基因）

即日起至4月30日

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案例 Cell Stem Cell: m6A阅读器YTHDF2下调可抑制白血病 meRIP联合SLAM-seq、Ribo-seq，深入RNA修饰调控机制

本研究发现m6A阅读蛋白YTHDF2在AML患者身上广泛过表达，在小鼠和人类AML发生和发展过程中起着关键的作用。研究者敲除白血病前期细胞的YTHDF2，再进行meRIP-seq，发现敲除组中表达水平显著上调的mRNA具有丰富的m6A修饰。为了研究带有m6A修饰的mRNA的上调机制，研究者利用SLAM-seq检测mRNA的半衰期，证实m6A修饰使这些基因的半衰期延长了。

利用meRIP-seq分析Ythdf2敲除组和对照组的转录组m6A甲基化修饰图谱。B, Ythdf2敲除后mRNA表达减少、不变和增加的3个分组的m6A峰的错误发现率FDR。C, Violin图显示敲除组和对照组的表达变化，分了无m6A修饰、有m6A修饰和丰富m6A修饰的3个组做对比。D, 敲除组和对照组mRNA表达变化的累积分布曲线，敲除组有m6A修饰的mRNA表达上升。

利用SLAM-seq分析Ythdf2敲除组和对照组的转录组半衰期。E，衰减曲线显示敲降组的mRNA半衰期稍微增长。G，YTHDF2的缺失，使含m6A修饰mRNA半衰期进一步增长。

随后，研究者利用RIBO-seq检测两个组的蛋白翻译效率，发现YTHDF2的缺失后，无论是有m6A修饰的还是没有m6A的mRNA，翻译效率都没有显著改变。这些结果表明YTHDF2在白血病中促进m6A mRNA的降解，而这个降解受m6A的指导。

利用RIBO-seq分析Ythdf2敲除组和对照组的翻译效率。H, 火山图显示两组的翻译效率变化。I,  两组mRNA，m6A高水平、m6A低水平和无m6A修饰的mRNA分别的累计分布曲线。

原文：Paris J, Morgan M, Campos J, et al. Targeting the RNA m6A Reader YTHDF2 Selectively Compromises Cancer Stem Cells in AcuteMyeloid Leukemia. Cell Stem Cell. 2019 Jul 3;25(1):137-148.e6.
质量承诺：meRIP-seq motif分析结果须有显著的RRACH特征，如无可以申请全额退款或者免费重测！

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