（有参考基因组）

具体分析内容

备注

基础分析

1.原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理；

2.测序数据产量统计及质量评估；

3.参考序列比对分析；

4.基因表达水平分析（PCA分析，限两组或以上样本）；

5.转录本整体质量评估；

6.样本间相关性分析（两个或以上样本）；

7. 基因差异表达分析（两个或以上样本）；

8.差异表达基因表达模式聚类分析（两个或以上样本）；

9.差异表达基因功能注释及GO、KEGG富集分析（两个或以样本）；

10. 新基因、转录本预测；

11.新基因功能注释：GO、KEGG、NR、swissprot与COG功能注释分析；

12.SNP/Indel检测；

需甲方向乙方提供所做样本的参考基因组序列及注释文件

高级分析

13.差异表达基因蛋白互作网络分析（两个或以上样本）；

14.转录因子分析（仅限动、植物）；

15. lncRNA鉴定；

16.差异可变剪切。

备注