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一、真核转录组resequencing 1、基本数据统计 ① 去除接头序列、低质量序列得到reads信息 ② 样品相关性 ③ 表达量分布 ④ RNA分类 2、参考基因组比对 3、mRNA鉴定 4、mRNA定量分析 5、mRNA差异表达分析（样本间、组间） 6、mRNA表达/差异基因聚类 7、mRNA差异基因GO分类、富集 8、mRNA差异基因KEGG分类、富集 9、mRNA结构分析 ① 可变剪切分析 ② 融合基因分析（仅限人） 二、Dr.Tom多组学数据挖掘系统（赠送使用12个月） 一）数据库注释 1. 转录因子注释（AnimalTFDB/PlantTFDB） 2. GSEA分析 3. Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释 二）互作网络分析 1、靶基因分析 ① miRNA-mRNA靶向关系分析 ② lncRNA-mRNA靶向关系分析 2、ceRNA互作网络分析 3、蛋白互作网络分析 4、共表达互作网络分析 三）特色分析 1、自定义标签和自有数据上传 2、外部数据库信息（TCGA、ARCHS4） 3、卡方检验 4、关键驱动基因网络图分析 5、时间序列分析
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